Obec Prusinovice leží v okrese Kroměříž, severovýchodně od okresního města ve vzdálenosti cca 22 km, západně od Bystřice pod Hostýnem, severovýchodně od Holešova.

Katastr obce má rozlohu 1070, 6164 hektarů.

Nejbližším větším spádovým městem je Holešov, ve vzdálenosti 7 km.
Na jihu sousedí Prusinovice s k.ú. Bořenovice a Tučapy, na východě s k.ú. Hlinsko a Bílavsko, na severu s k.ú. Dřevohostice a na západě s k.ú. Pacetluky.

Území se nachází v oblasti Podbeskydské pahorkatiny s velmi heterogenním reliéfem s převažujícími, převážně členitými pahorkatinami a kotlinami, místy členité vrchoviny až ploché hornatiny.

Geologické podloží tvoří flyšové horniny, které jsou v části překryty neogenními a kvarteními sedimenty. Biogeograficky významné jsou ostrůvky vápenců, břidlice a slepence.