Pramení východně od Nové Paky ve výšce 430 m n.m. Teče mělkým řečištěm přibližně jižním směrem a u obce Skřivany poblíž Nového Bydžova se vlévá do Cidliny na ř.km 45,4. Sjízdný úsek měří 31 km.

Javorka je nížinná řeka s mělkým korytem, pouze mezi Lázněmi Bělohrad a Ostroměří protéká poněkud hlubším údolím, sledována silnicí a železnicí. Spád řeky je poměrně malý, na řece jsou četné jezy, většinou nesjízdné. Pod Ostroměří je řeka zarostlá, místy regulována. Vodácky zajímavější je úsek do Ostroměře.